El Salvador ha sido testigo de múltiples casos de corrupción patrocinados por los últimos exmandatarios de dos partidos políticos, FMLN y Arena. Lo confesado por el exjefe de Estado, Elías Antonio Saca, puso en entrevisto también la participación de diversas instituciones del Estado.
En el caso de Francisco Flores, procesado por los delitos de peculado, enriquecimiento ilícito y desobediencia de particulares, continúa abierto a pesar del fallecimiento del exmandatario ante las acusaciones de apropiarse de más de $15 millones.
A pesar de que el exmandatario falleció el 30 enero de 2016, su caso judicial aun no finaliza. Fue procesado penalmente por apropiarse cinco millones de dólares y el extravío de cerca de 10 millones más donados por el gobierno de China-Taiwan.
Durante su proceso judicial sufrió un derrame cerebral que le causó seis días de coma y luego la muerte.
