En muchas ocasiones el FODES que se le brinda a las municipales no es utilizado de la mejor manera por los alcaldes, quienes muchos de ellos se han favorecido para complacer otros intereses y para financiar a las pandillas, muchos de ellos ya están procesados y otros que ya guardan prisión.
El caso más reciente es el del alcalde de Usulután, Miguel Ángel Jaime, junto al administrador de mercados de esa local quienes son acusados de favorecer y de financiar a estructuras criminales.
La investigación de la Fiscalía detalla que los funcionarios entregaban $2,000 mensuales a cada célula de las pandillas.
El exalcalde de Metapán, en el departamento de Santa Ana, Juan Samayoa, tambien ha sido acusado del delito de lavado de dinero junto al empresario José Adán Salazar Umaña, mejor conocido como «Chepe Diablo» y otros familiares.
El 31 de mayo del 2017, fue detenido el exalcalde de ARENA en el municipio de Pasaquina, de La Unión, José Carlos Ramírez Umanzor, acusado de ser el cabecilla de una banda que operaba en el oriente del país dedicada al contrabando de mercadería y tráfico de droga.
El pasado 29 de abril de 2017, tres empleados de la comuna del municipio El Tránsito, en el departamento de San Miguel, fueron detenidos por colaborar con las pandillas.
El 31 de octubre 2016, fue detenido el exalcalde de San Miguel Tepezontes, en el departamento de La Paz, José Ludgerio Cruz Quintanilla, por el delito de tráfico de personas.
El exalcalde del Puerto El Triunfo, del departamento de Usulután, Rodrigo Tenorio, fue detenido en el 2016 por presuntamente financiar una estructura del Barrio 18.
El exalcalde de Apopa, Elías Hernández, también fue capturado el 5 de junio de 2016 acusado de presuntamente proporcionar armas a la pandilla 18 en el periodo de la tregua.
