El partido ARENA se ha caracterizado por sus actos de corrupción, desvío de fondos y pactos con pandillas, el más reciente caso se trata de la captura del alcalde de El Tránsito, San Miguel, Roel Werner Martínez, por los delitos de agrupaciones ilícitas, financiamiento de maras, entre otros.
Recientemente fue capturado el alcalde de Ilopango, Adán Perdomo, por peculado en perjuicio de la administración pública, Ernesto Muyshondt es investigado por negociar con pandillas y Roberto d´Aubuisson por apropiarse de cuotas laborales.
Uno de los casos más emblemáticos de corrupción es del expresidente del país, Francisco Flores, quien desvió un donativo de Taiwán a los bolsillos de ARENA, otro ejemplo es Elías Antonio Saca, quien purga una condena por actos de corrupción, entre otros exfuncionarios.
