Según un estudio presentado por la Fundación Nacional para el Desarrollo (FUNDE), más del 80 % de las alcaldías no cumple el mandato del FODES, que es destinar el 75 % de dichos recursos a inversión, sino que lo utilizan para pagar deudas antiguas.
En un período de 11 años, las alcaldías salvadoreñas cuadriplicaron sus deudas y el 60 % de esos recursos se han utilizado para pagar compromisos financieros pasados; utilizando datos del Ministerio de Hacienda, disponibles para 246 alcaldías, el informe de FUNDE indica que en 2006 la deuda municipal sumó $123 millones, pero 11 años más tarde, en 2017, alcanzó $514 millones.
El estudio además muestra que el 60 % del dinero prestado entre 2015 y 2017 se utilizó para refinanciar deudas pasadas. Solo el 26 % se utilizó para inversión y el resto para proyectos diversos.
Debido al alto grado de endeudamiento han aumentado los gastos financieros, relacionados al pago de intereses. En 2012, el 5.1 % del gasto municipal correspondió a este rubro, pero para 2016 abarcó el 8.6 % del total.
La dependencia al FODES es alta en todos los municipios, y el 80 % de las comunas no respetan el mandato de este fondo, solo en 2016, el gasto de capital presupuestado por las alcaldías fue de $265.5 millones, que coincidió con la asignación para inversión. Sin embargo, al final de ese año solo se invirtieron $119 millones, según el informe.