Otro de los legados del gobierno del Presidente Salvador Sánchez Cerén es dejar al país con un aumento de homicidios, comparado a cómo lo recibió en el 2009, según estadísticas de la Policía Nacional Civil (PNC), a pesar de que en la propaganda gubernamental se diga que ha habido una baja.
De acuerdo a los datos oficiales, en el segundo año de gobierno del FMLN (2011) se registró un promedio de 360.25 homicidios al mes, la mayor parte ejecutados por las dos principales pandillas que operan en El Salvador: la MS y la 18.
Sin embargo, a diciembre de 2018, es decir casi en todo el periodo del Sánchez Cerén, el promedio se ha establecido 383.38 asesinatos por mes, lo que representa un 6.03 % con relación al promedio del año 2011, lo que a su vez representa un estimado de 11 asesinatos diarios.
Dicho incremento sería mucho mayor si se tomara en cuenta la gran cantidad de salvadoreños a diario desaparecen y que con el correr del tiempo son encontrados enterrados en cementerios clandestinos, localizados en diferentes lugares del país.