Los proyectos bajo el FOMILENIO II que los gobiernos del FMLN debieron finalizar en tiempo de su administración estuvieron manchados de corrupción por malversación de fondos.
Las administraciones de izquierda no tuvieron una efectividad en lograr administrar los proyectos financiados por estos fondos internacionales que pusieron en riesgo la credibilidad del país.
Durante los pocos meses que la administración del Presidente Bukele ha logrado estar al frente del país, se ha logrado descubrir los niveles de corrupción que ocultó el FMLN en sus diez años al mando.
No obstante, junto a su Gabinete, el actual Mandatario Nayib Bukele ha enfocado sus esfuerzos en lograr administrar correctamente los fondos para el milenio #2 (FOMILENIO II) que los Estados Unidos ha dado al país.