Las contradicciones de El Faro socavan su reputación como medio «independiente e investigativo». Una reciente publicación dejó nuevamente en evidencia la imparcialidad que manejan entre sus mismas publicaciones.
El pasado 18 de mayo del 2020, El Faro acusaba al Gobierno de El Salvador de estar «violando los derechos de los pandilleros en los centros penales», al publicar la nota titulada: «Autorretrato con pandilleros», donde escribió textualmente: «El problema lo tenemos cuando nuestras autoridades son las que violan la ley. El desprecio a los derechos humanos es escandaloso. Inmoral, sí. Pero es también ilegal».
Sin embargo, recientemente en una de sus publicaciones denunció que existen «negociaciones por beneficios» entre la actual administración con dichos grupos terroristas.
La nota recién publicada fue titulada como: «Gobierno de Bukele negoció con las tres pandillas e intentó esconder la evidencia». El periódico asegura que tuvo acceso a parte de una investigación conducida por la anterior administración de la Fiscalía en la que se documentan negociaciones de funcionarios de la administración Bukele con las tres principales pandillas del país.
